Деякі виробники запевняють, що маркер на водній основі не висихає навіть у відкритому стані. “Водні” маркери без запаху, нетоксичні і не розпливаються на будь-яких поверхнях. Спиртові фломастери мають яскраво виражений запах спирту, який швидко випаровується, високотемпературну стійкість.
Маркери на водній основі мають широкий спектр і володіють прозорістю кольорів. Основна відмінність – колірний шар після висихання не розчиняється наступним шаром. Змішання кольорів і плавні переходи з одного в інший у цьому випадку неможливі.
Фарба спиртових маркерів дуже міцно тримається на поверхні матеріалу; її можливо видалити тільки спиртом. МАРКЕРИ НА ВОДНІЙ ОСНОВІ призначені для малюнків на папері та картоні, і мають яскраво виражений акварельний ефект: напівпрозорі кольори та відтінки імітують роботу художника акварельними фарбами.