Спочатку, 14-10 млн. років тому, Чорне море входило до складу Сарматського моря (від Балатона до Арала). Потім воно знову з'єдналося із Середземним морем, утворивши на кілька мільйонів років Меотічне море.
В останні 18-20 тисяч років на місці Чорного моря існувало майже прісне Новоєвксинське озеро-море, і лише 6-8 тисяч років тому воно поєдналося із Середземним морем через протоку Босфор – ймовірно, внаслідок землетрусу.
Чорне море омиває територію Криму Зливається з Мармуровим морем та Середземним морем, Азовським морем та Керченською протокою.
Прибережні ґрунти складаються з гальки, гравію, піску, алевриту (дуже дрібних частинок). Дно на глибині від 20 до 150 метрів покрито мулами зі стулками раковин мідій та фазеолін. Глибоководні мули – глинисті та вапняні. Дно на глибині від 200 до 1500 метрів покрито темними (сірими, бурими, коричневими) мулами.