Рухи в шлунку, звані перистальтикою шлунка, ще більше здавлюють, розріджують і змішують їжу. Патогенні мікроорганізми, які могли потрапити до рота, гинуть у шлунку від соляної кислоти, а білки розщеплюються. Частково перетравлена харчова маса переміщається звідти в тонку кишку.
Зі шлунка їжа потрапляє у верхній відділ тонкого кишечника – дванадцятипалу кишку. Тут їжа піддається впливу соку підшлункової залози та ферментів тонкого кишечника, який сприяє перетравленню жирів, білків та вуглеводів. Тут же їжа обробляється жовчю, що виробляє печінку.
Зазвичай їжі потрібно від 6 до 8 годин, щоб пройти через шлунок до тонкої, а потім і товстої кишки. Як тільки частково перетравлена їжа благополучно потрапляє в товсту кишку, вона може залишатися там більше доби і розщеплюватися далі.
Основні місця дії травних ферментів у організмі людини та тварин – це ротова порожнина, шлунок, тонка кишка. Травні ферменти виробляються залізистою тканиною органів травлення: слинні залози, залози шлунка, печінка, підшлункова залоза та залози тонкої кишки.