Мелатонін не завдає шкоди здоров'ю, навіть перевищити дозування на добу. Але залежно від індивідуальних особливостей організму іноді буває головний біль, алергічна реакція, ранкова сонливість, нудота. Є також протипоказання: Вагітність і період лактації
Фахівці з нейронауок із відділення медицини процесів сну, заявляють, що ефект мелатоніну на артеріальне тиск пов'язаний з його здатністю регулювати біологічний годинник організму. Є дані про те, що люди з підвищеним артеріальним тиск знижений рівень мелатоніну у нічний час.
Застосування мелатоніну на постійній основі не рекомендовано, оскільки може порушити вироблення природного гормону, що продукується в організмі. Про шкоду мелатоніну інформація обмежена, оскільки цей лікарський засіб відносно недавно на фармацевтичному ринку.