У південній та східній частинах озера внаслідок стоку річок та накопичення у прибережній зоні річкових вод, сильно пофарбованих гумусомвода має жовто-бурий колір. У глибоководній північній частині озера вода набуває блакитнуватого відтінку.
Вода у них має різні відтінки коричневого кольори через значну кількість розчинених органічних кислот.
За відсутності суспензій у воді найкраще розсіюються короткі промені, і вода набуває нормального для неї (у великій товщі) синій колір. Зі збільшенням каламутності зростає роль розсіювання променів. жовтою та червоною частин спектру, вода отримує жовті та жовто-бурі відтінки.
Вода Ладозького озера має високі природні властивості. Вона «м'яка», слабомінералізована (в середньому 63,7 мг/л) і в цьому відношенні не поступається воді оз. Байкал, загальновідомий за своєю якістю із санітарно-гігієнічних позицій.