На даний момент відомі 7 звичайних ізотопів водню, а також один екзотичний атом водень-4.1 (мюоній, 4He-μ).
Деякі ізотопи мають традиційні власні назви (наприклад, дейтерій, актинон). Розрізняють ізотопи стійкі (стабільні) та радіоактивні. На 2017 рік було відомо 3437 ізотопів усіх елементів, з них 252 ізотопи стабільні.
Водень – єдиний елемент, ізотопи якого мають свої назви: протій, дейтерій, тритій. Протій (“легкий водень”) становить 99,9 % від загальної кількості атомів водню у Всесвіті і є найпоширенішим нуклідом у природі серед ізотопів усіх хімічних елементів.
Елементи, які мають однакове число протонів, але різне число нейтронів, називаються ізотопами цього елемента. Водень, наприклад, має три ізотопи: воден ь-1 (водень з ядром, що складається тільки з одного протона), воден ь-2 – дейтерій (один протон і один нейтрон), і воден ь-3 -тритій (один протон і два нейтрони).