Після Ультиматуму дівчина порвала стосунки з Пітером, але незабаром відновила з ним стосунки. Коли Зловісна шістка штурмує будинок Пітера, той гине від рук Нормана Озборна. Людина-павук помирає на руках у Мері Джейн.
Незважаючи на їхні міцні стосунки, Пітер почав побоюватися за безпеку Мері Джейн більше, ніж будь-коли, коли Зелений Гоблін викрав її та жбурнув із мосту Квінсборо. Після цього Пітер розлучився з нею, не бажаючи, щоб вона ставала знову мішенню його ворогів.
Наприкінці фільму вона розповідає про свої почуття до Пітера, але він відкидає Мері Джейн, щоб захистити її від ворогів.