Найбільш глибокі наслідки пренатального впливу алкоголю – пошкодження головного мозку та пов'язані з цим поведінкові та когнітивні порушення. Вчені визначають широкий спектр ефектів і симптомів, викликаних внутрішньоутробним впливом алкоголю, які називають терміном «розлади алкогольного спектра плода».
Сімейний алкоголізм вкрай несприятливо впливає на фізичний та психічний (пізнавальний та особистісний) розвиток дитини. Для дітей алкоголіків характерні невротичні та неврозоподібні розлади, психопатичний розвиток особистості, проблеми соціальної адаптації.
Етанол призводить до спазму судин плаценти та пуповини, що погіршує доставку до плоду кисню та поживних речовин. Ацетальдегід згубно впливає на клітини зародка, що призводить до зміни генетичного матеріалу (ДНК), що є причиною різних каліцтв.